Пироговский Университет — единственный в России медицинский вуз со статусом национального исследовательского университета. Этот статус дает ему особые возможности: самостоятельно формировать образовательные программы, запускать масштабные научные проекты и напрямую интегрировать научные разработки в клиническую практику.
Пироговский Университет занимает 21-ое место среди вузов России (RAEX-100, 2025), входит в категорию 1201-1500 международного рейтинга Times Higher Education (2025), Top10% глобального агрегированного рейтинга 2025.
Университет успешно реализовал программу национальных исследовательских университетов, программу развития геномных центров, программу развития инжиниринговых центров, участвует в программе стратегического академического лидерства «Приоритет 2030», в программе развития передовых инженерных школ, а также стал единственным медицинским вузом России, вошедшим в пилотный проект по совершенствованию системы высшего образования.